Die Orgeln der Stadtkirche
Vor 1517 brannte die Kirche erneut ab und wurde zum größten Teil zerstört. Die Orgel stand unweit der Kanzel. Die heutige Sakristei war die Bälgenstube für die Orgel. Das neue Werk wurde an derselben Stelle wieder aufgebaut (ca. 1580). Der damalige Gotteshausvater (Verwalter des Kirchenvermögens) und frühere Hofbarbier Georg Behr, hob alles alte Eisen des alten Orgelwerkes auf und klopfte sogar die Nägel gerade um sie für die neue Orgel wieder verwenden zu können. Erst 65 Jahre später begann man mit dem Wiederaufbau.
1580 erste nachweisbare Orgel baute Adam Fuchs aus Kahla,
1700 zweite Orgel von David Märker aus Schleiz.

1870 dritte Orgel der Gebrüder Peternell aus Seligenthal bei Schmalkalden.
Sie tat ihren Dienst bis zum Jahre 1938.

1938  vierte Orgel von Orgelbaumeister Otto Poppe in Schleiz mit elektrischer Traktur und 34 klingenden Stimmen.
Aus der alten Orgel wurde nur ein kleiner Teil der Pfeifen und der Hauptbalg übernommen. Im übrigen war die Orgel in ihren Bestandteilen neu.
Sie tat ihren Dienst bis zur Zerstörung beim Bombenangriff am 8. April 1945. Er zerstörte die Kirche und zog auch die Orgel stark in Mitleidenschaft.

1. Advent 1952 Orgel- und Kirchweihe 
Der Neuaufbau erfolgte durch den Orgelbauer Gerhard Kirchner, Weimar, in Verbindung mit der Firma Sauer, Frankfurt/Oder.

Ende Juni 2013 wurde die Orgel abgebaut und fachgerecht eingelagert. Die störanfällige pneumatische Pfeifensteuerung sollte durch eine elektrische Traktur ersetzt werden. Die geplanten Gesamtkosten beliefen sich auf ca. 100.000 Euro.
2014 konnte die Kirchgemeinde mit Eigenmitteln, Spenden und 4.000 € Lottomitteln den 1. Bauabschnitt in Höhe von 30.000 € finanzieren.
2015 folgte der 2. Bauabschnitt in Höhe von 25.000 €, finanziert aus dem jährlichen Kirchgeld und Spenden.
Fördergelder der Landeskirche EKM und des Kirchenkreises Schleiz standen für den 3. Bauabschnitt 2016 zur Verfügung. Einen großen Teil der Summe mussten aber die Kirchgemeinde, Bürgergemeinde und Musikfreunde unserer Stadt aufbringen. Dazu hatte sich der "Freundeskreis Stadtkirchenorgel" gegründet, der mit verschiedenen Aktionen die Orgel ins Bewusstsein brachte.
Am 1. Advent 2016 (27. November), wurde die erneuerte Orgel wieder in den Dienst der Gemeinde gestellt. Die Orgelbaufirma Hoffmann & Schindler aus Ostheim in der Rhön überarbeitete die Orgel gründlich und ergänzte sie mit Teilen der alten Bergkirchenorgel.